Τα προγράμματα που οργανώνει και υλοποιεί το ΚΠΕ στοχεύουν στη δημιουργία ενός συνόλου αξιών και ενδιαφερόντων στους μαθητές για ενεργητική συμμετοχή, στην προστασία και την βελτίωση του περιβάλλοντος, τη διατήρηση της πολιτιστικής κληρονομιάς και κατα συνέπεια τη βελτίωση της ποιότητας ζωής και της βιώσιμης ανάπτυξης.
Επιπλέον το ΚΠΕ σχεδιάζει και υλοποιεί προγράμματα Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης για τα σχολεία Α/θμιας και Β/θμιας Εκπ/σης που στόχο έχουν την ευαισθητοποίηση των μαθητών.
Στους στόχους του ακόμη εντάσσονται:
α) παραγωγή εκπαιδευτικού ενημερωτικού υλικού (εντύπου, οπτικοακουστικού κ.α.) οδηγού για τα σχολεία,
β) στήριξη προγραμμάτων Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης των σχολείων της περιφέρειάς του,
γ) σύνδεση με τα επιστημονικά Ιδρύματα και οργανώσεις σε τοπικό, εθνικό και διεθνές επίπεδο για επιστημονική έρευνα και συνεργασία για παραγωγή εκπαιδευτικών προγραμμάτων,
δ) οργάνωση και πραγματοποίηση επιμορφωτικών συναντήσεων εκπαιδευτικών στην Περιβαλλοντική Εκπαίδευση,
ε) ανάπτυξη διεθνών συνεργασιών με αντίστοιχους φορείς του εξωτερικού και στ) προώθηση της έρευνας στο χώρο της Περιβαλλοντικής Εκπαίδευσης.